1、頂層設計不足

在很多地方，農村建設的投入大部分是面子工程，沒有考慮農村的長遠發展。所以在頂層設計上嚴重不足，缺乏相應的政策法規，沒有收集和定義操作方法。保護生態環境本身就是經濟發展的重要組成部分，如果不加以考慮，勢必影響整體經濟面貌的發展。

2、資金長期不足

資金不足一直是制約農村生活污水處理的難題。我國有近幾十萬的村莊沒有搭建必要的污水處理設施，急需資金支持。由于沒有科學的籌資機制和渠道，僅依靠財政預算，地方財政特別是西部欠發達地區的財政困難重重。

3、技術水平薄弱

農村污水處理形勢復雜，起步難。就污水處理工藝的運行而言，設施規模越小，越難以穩定運行。日處理能力只有幾十噸的農村污水處理設施，必須有嚴格的工藝要求才能實現穩定運行。因此，與城市污水處理相比，農村污水處理對技術的依賴程度更高，對技術的要求也更高。

目前，國內常采用沼氣池處理技術、土地處理系統、生物濾池、穩定塘處理技術等技術，都需要非常專業的技術人員長期運維管理，穩定性和處理效果難以得到保障。因此低投入、低成本、低能耗、輕量化，適用于分散農村污水處理的技術仍是我國農村污水治理的重要方向。

4、運維水平低下

污水處理設施建成后，為了確保設備長期穩定運行，必要的維護經費不可缺少，而許多鄉鎮地區用于環保事業的資金缺少相應的保障制度。除少數地區將運行管護經費納入財政預算外，大部分地區僅有很少的補助經費，不能滿足設施正常運行需要，出現設備“曬太陽”現象，降低了設施效益的發揮水平。

農村生活垃圾處理設施的管理者主要是當地村民。不具備相關環保知識和設備操作管理相關技能。他們只能負責設備的日常維護，無法對系統進行專業的維護，導致污水處理效果出現波動、水質不達標等問題。